《特赦1959》作为一个主旋律献礼剧，总体来说还算是不错的，但也有一些问题，最明显的就是很多网友已经指出过的，整个剧的跨度达十年以上，但剧中的人物始终穿着棉衣，一直在冬天，这是很不合理的。还有一些本该有的情节和人物没有，却硬生生的强加了许多虚构的情节和人物，让这个剧打了折扣。
而其中最为明显的让人感觉多余而且很烦人的角色，当然就是记者徐高平和护士梁冬芳，这两个虚构的人物的戏有点太多了。本来这个剧中的很多老演员的表演已经很精彩了，但是这两个人一出现，瞬间就让人感觉跳戏跳到现在流行的那种偶像剧去了，尤其梁冬芳还是一副傻白甜的样子，很没有必要。如果能像《亮剑》和《士兵突击》一样，就拍成一部男人戏，其实剧情会更紧凑，也会让观众感觉更严肃。
还有一些人物的虚构，比如蔡守元这个人物，表面上是综合了很多人的经历，尤其是张淦和范汉杰的一部分经历，但这个改编其实意义不是很大，还不如直接让范汉杰和张淦真名实姓的出现在剧中，反而效果会更好。因为范汉杰没有出现，廖耀湘的台词太少，戏也很少，导致整个剧中辽沈战役中被俘的国军高级将领中，戏最多的反而成了廖耀湘指挥的四十九军军长中将郑庭笈。
还有刘安国这个角色，其实所有人一眼都能看出来，这个虚构的人物的原型就是文强。在以前的老电影《决战之后》中，文强是真名实姓的出现的，但是到了这个剧里，却被改编成了刘安国。不过，刘安国这个人物形象总体而言还是比较饱满的，也比较出彩，这和演员本身的拿捏、把握和表演比较到位是分不开的，刘安国也是这个剧中的几个主要角色之一。但反过来说，如果把刘安国的名字换成文强，其实也一样可以这么处理，也不会让人跳戏。
因为主要角色都是被俘的国军高级将领，其中一些人还有上下级关系，比如郑庭笈是廖耀湘的下属，文强在淮海战役中被俘的时候是杜聿明的下属，融合了杨伯涛的经历的陈瑞章是黄维的下属等等，那么这些人在一起，讨论过往的战役中各自的表现，这肯定是少不了的，也是应该浓墨重彩的表现的。但这个剧中反映得却有点少了，比较集中的反而是虚构的人物蔡守元和在鲁南战役中被俘的马励武争论，但这个剧情和史实完全对不上。
还有黄维和杜聿明、王耀武等几个主要角色，黄维和杜聿明是不同的派系，黄维是陈诚土木系，而杜聿明是何应钦系的人，这也是杜聿明在淮海战役中对救援黄维不太积极的原因，但在剧中两个人却相安无事，并没有讨论淮海战役的得失。作为整个剧中两个比较主要的角色，又都亲历了决定国共双方命运的淮海战役，两个人对此却闭口不提，相互之间既没有讨论，也没有埋怨和指责，这也是不太符合逻辑的。
还有剧中被当成主要反面典型人物处理的几个特务，包括康泽、刘安国、沈醉、徐远举、周养浩、曾扩情，其实处理得也都还不错，只不过，这个处理可能稍微有点过头了。因为，相比其他在战争中被俘的国军高级将领而言，这些特务对党国的忠诚度似乎太高了一点，很可能会让一些观众想起普京的故事。不过，这几个特务的形象总体而言还是控制住了，比较猥琐，不像《潜伏》里的李涯那样忠诚，以至于感动了观众。