故事从传说中的夸克族与暗黑族开端迟误。仁慈与邪恶形成两势力匹敌，进进「萌学园」里的萌骑士联络在一起珍爱结界。萌学园里的魔法预言书储躲著什麼天大的奥秘？奈亚公主及忧伤艾瑞克纯纯的情愫正在发酵，误闯萌学园的坚尼，会为萌骑士团带来什麼冲击？倾覆你对魔幻世界的想像力，一起探索萌学园体验奇幻旅程。　　--------　　第一季竣事　　第…

一天，月亮在这个学园变成了红色的，一切都变了，原本力量强大的海地司被熇炎带进反噬镜，破坏时空封印的部分结界，不慎开启被封印多年时空裂缝，窜出的闇黑气息连带影响日月潮汐，萌学园的生活都变了，夸克族会打败闇黑势力吗？</span>

捍卫宇宙和平的萌骑士团，由幻之星,智之星,十之星,炎之星,月之星坚持到底，展开为正义奋斗和保护地球的神圣使命。

故事由前一部的“异界对决”拉开序幕，夸克族的未来以及萌骑士们守护夸克族的家园，宇宙和平。

力量强大的海地司进入反噬镜，破坏时空封印的部分结界，不慎开启时空裂缝！窜出的暗黑气息连带影响日月潮汐，夸克族即将灭亡！萌学园人心惶惶，学生们纷纷出走，长老会新派任的校长要追查出隐藏在反噬镜里的秘密……