阿笠博士家的沐浴设备坏掉了，是以柯南、小兰和小哀一起往了混堂。柯南却在混堂里不慎滑倒并晕了曩昔。有两名希罕的男人自称愿意带柯南往医院，带柯南上了他们的车。其中一位面相泼辣、纹有纹身的男人名叫龙，另一位男人固然没有自报姓名，其身份倒是传说中的杀手近藤！其实这两人来到温泉是为了实现一项隐秘的任务。他们以为柯南在思疑他们并且…

堂本一辉是著名的钢琴演奏家，两年前突然宣布不再演奏钢琴转而攻向管风琴，更斥资建造了堂本音乐厅，准备在落成之日举行演奏会。然而在演奏会之前，堂本音乐学院的学生相继死去，先是爆炸案，后是单个被杀园子带着柯南一行人来听排练，认识了女高音歌唱家秋庭怜子，拥有绝对音感的秋庭也开始遭遇到危险：润生茶被下药、作森林浴时遭遇空气枪袭击…